|
|
Shluková analýza signálu EKG
Pospíšil, David ; Kozumplík, Jiří (oponent) ; Klimek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá použitím některých metod shlukové analýzy na signál EKG s cílem třídění QRS komplexů podle jejich morfologií na normální a abnormální. Je využito hierarchické aglomerativní shlukování a nehierarchická metoda K – Means, pro něž byla v programovém prostředí Mathworks MATLAB vytvořena aplikace. První část práce se zabývá teorií v oblasti signálu EKG a shlukové analýzy, druhou je pak návrh, realizace a zhodnocení výsledků softwaru pro využití shlukové analýzy na EKG signálu k automatickému třídění QRS komplexů do shluků.
|
|
|
Využití numerických reprezentací ve zpracování nukleotidových sekvencí
Košíček, Adam ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Kubicová, Vladimíra (vedoucí práce)
Převod sekvencí DNA na vhodnou reprezentaci je důležitou úkolem před samotným započetím analýzy a dalšího zpracování. Hlavním úkolem této práce bylo se seznámit s typy numerických a grafických reprezentací a jejich využitím pro analýzu DNA. Vzhledem k velkému množství metod a postupů, byly do této práce vybrány pouze některé. Některé metody nelze přímo klasifikovat jako numerické nebo grafické, protože obsahují možnost obojí reprezentace. Tyto metody byly zařazeny mezi grafické reprezentace. Pro vybrané metody byly vytvořeny fylogenetické stromy pro porovnání přesnosti. Závěrem práce je zhodnocení získaných výsledků.
|
|
|
Komparační analýza genomických dat pomocí grafické reprezentace
Těthal, Jiří ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá identifikací druhů živočichů pomocí denzity nukleotidů mitochondriálního genu CO1. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o DNA barcodingu a buněčné organele mitochondrii, která s touto metodou úzce souvisí. Druhá část se již prakticky zabývá porovnáváním různých sekvencí s využitím denzity jejich nukleotidů. K tomuto účelu byl vytvořen program, který využívá dvě funkce, přičemž první ze zadaných sekvencí nukleotidů vypočítá jejich denzitu a druhá dokáže tyto denzity porovnat distanční metodou.
|
|
|
Obrazová analýza mitotických chromosomů
Hávová, Mariana ; Babula, Petr (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Změny v počtu a ve struktuře chromozomů jsou příčinou řady vážných onemocnění. K odhalení chromozomálních změn slouží cytogenetická vyšetření, která nejčastěji vedou k sestavení karyotypu. Pro účely cytogenetických analýz se chromozomy vizualizují pomocí vhodných metod a nejčastěji se následně sestavují do karyotypu. Protože ruční stanovení karyotypu je časově i finančně náročné, vyvíjí se přístupy k automatickému karyotypování pomocí počítačového softwaru. Automatické karyotypovací systémy klasifikují chromozomy do tříd na základě identifikačních znaků, specifických pro každý chromozom. Automatickou klasifikaci však nejvíce limituje přítomnost překrývající se a silně ohnutých chromozomů, přítomných v téměř každé mitóze. Přesnost a spolehlivost karyotypovacích systémů stále závisí na zásahu uživatele. Cílem vývoje nových přístupů k automatickému karyotypování je tedy zejména překonání výše zmíněných problémů a dále vývoj takových klasifikačních metod, které umožňí klasifikaci chromozomů do párů bez lidské kontroly.
|
|
|
Využití získávání znalostí pro data z PDF souborů
Dvořáček, Libor ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Bartík, Vladimír (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá extrakcí tabulek z digitálně vytvořených pdf a následným použitím získatých dat pro datovou analýzu. Použity jsou metody redukce dimenzí a shlukové analýzy. Hlavním obsahem je rozbor dostupných nástrojů pro extrakci dat v jazyce python, popis a porovnání použitých metod strojového učení a implementace aplikace, která všechna tato témata sdružuje do jednoho funkčního celku na adrese: http://extraktor.herokuapp.com
|
|
|
Shluková analýza
Chrobák, Martin ; Ronzhina, Marina (oponent) ; Kozumplík, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá použitím metody shlukové analýzy na EKG signál, s cílem oddělit od sebe normální a abnormální QRS komplexy. K tomuto účelu byly v profesionálním výpočetním prostředí MATLAB vytvořeny dva algoritmy. Výstupem této diplomové práce jsou dendrogramy, které rozdělují jednotlivé QRS cykly do dvou shluků na abnormální a normální, a také hodnoty Pearsonových korelačních koeficientů.
|
|
|
Bootstrappingové metody ve fylogenetice
Sedlář, Karel ; Vohánka,, Jaroslav (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V posledních desetiletích zaznamenala fylogenetická rekonstrukce velký rozvoj. Použitím nově získaných molekulárních znaků a počítačového zpracování bylo dosaženo toho, že začala být brána jako objektivní věda. Rychlý vývoj však ukázal, že je potřeba výsledky vyhodnotit, neboť nové techniky vytvořily fylogramy i z nespolehlivých dat. Pro tyto účely byly do fylogenetiky aplikovány vzorkovací statistické metody, z nichž později začal převládat bootstrapping. I ten má však omezení, se kterými je nutno počítat při interpretaci výsledků, které nám poskytl. Spojením principů bootstrappingu a konsenzuálních stromů však lze získat fylogramy, jejichž vlastnosti jsou lepší než vlastnosti klasických fylogramů jak prokazuje tato práce.
|
|
|
Analýza dat z DNA čipů
Vogel, Ivan ; Smrž, Pavel (oponent) ; Šilhavá, Jana (vedoucí práce)
Cieľom tejto bakalárskej práce je popísať technológiu a analýzu komplementárnych DNA čipov. Predstavené sú niektoré algoritmy využívané pri analýze. Podrobnejšie sa venuje problematike zhlukovania dát, predovšetkým rozoberá varianty hierarchického zhlukovania. Ďalej predstavuje prehľad dostupného komerčného aj nekomerčného softvéru z tejto oblasti. Zahŕňa návrh vlastnej implementácie hierarchických metód. V závere sú porovnané výsledky s podobným nekomerčným softvérom.
|
|
|
Kontrola kvasného procesu vinného moštu
Procházková, Lenka ; Nováková, Olga (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací kvasinek izolovaných v průběhu kvašení vinného moštu. Pro analýzu byla vybrána odrůda révy vinné Rulandské modré pěstovaná v integrované vinici. V teoretické části jsou uvedeny základní informace o kvasinkách, jsou popsány rody nejčastěji se vyskytující v průběhu kvašení vinného moštu a metody identifikace kvasinek založené na PCR reakci. Pro identifikaci vinných kvasinek byla v experimentální části zvolena metoda PCR-RFLP. Amplifikace oblasti 5,8S-ITS rDNA byla provedena polymerázovou řetězovou reakcí za použití primerů ITS1 a ITS4. Získané amplikony byly podrobeny restrikční analýze, která byla provedena s pěti restrikčními endonukleázami: HaeIII, HinfI, Taq?, AluI, MseI. Pomocí restrikčních endonukleáz byly amplikony rozštěpeny na fragmenty, jejichž délka a počet je charakteristická pro daný druh. Separace fragmentů byla provedena elektroforeticky na agarózovém gelu a získané elektroforeogramy byly vyhodnoceny programem BioNumerics. Na základě UPGMA klastrové analýzy byly vytvořeny dendrogramy znázorňující genetickou podobnost izolovaných vinných kvasinek.
|
|
|
Sledování populace vinných kvasinek během kvašení vinného moštu
Krätschmerová, Kateřina ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných v průběhu kvašení vinného moštu a bobulí odrůdy vína Sauvignon pěstovaného v integrované vinici. Identifikace a taxonomické zařazení kvasinkových kmenů se díky rozvoji molekulárních metod zrychlila a usnadnila. K identifikaci těchto mikroorganismů v této diplomové práci byla použita metoda PCR-RFLP. Pro analýzu byly použity úseky kvasinkové DNA, které jsou specifické pro každý druh. Tyto úseky byly pomocí PCR za použití primerů ITS1 a ITS4 naamplifikovány a následně podrobeny restrikční analýze pomocí specifických restrikčních endonukleas. Získané fragmenty byly identifikovány horizontální elektroforézou. Gely byly následně vyhodnoceny programem BioNumerics. Za použití UPGMA klastrové analýzy byl vytvořen dendrogram znázorňující genetickou podobnost vyizolovaných kvasinek. V teoretické části této práce jsou uvedeny základní informace o kvasinkovitých mikroorganismech a metodách molekulární biologie sloužící k jejich identifikaci.
|
host ::
RSS.